رقیه از «رقی» به معنی بالا رفتن و ترقی گرفته شده است. گویا این اسم لقب حضرت بوده و نام اصلی ایشان فاطمه بوده است؛ زیرا نام رقیه در شمار دختران امام حسین (ع) کمتر به چشم می‌خورد و به اذعان برخی منابع، احتمال این که ایشان همان فاطمه بنت الحسین (س) باشد، وجود دارد. در واقع، بعضی از فرزندان امام حسین (ع) دو اسم داشته اند و امکان تشابه اسمی نیز در فرزندان ایشان وجود دارد. دو خطاب از امام حسین (ع) در کربلا در مصادر شیعی آمده است که یکی از دختران حرم خود را با نام رقیه (ع) اینگونه صدا زده است: «یا اختاه یا ام کلثوم، و انت یا زینب و انت یا رقیه و انت یا فاطمه و انت یا رباب» و در خطاب دوم آمده است: « یا ام کلثوم و یا سکینه و یا رقیه و یا عاتکه و یا زینب یا اهل بیتی علیکن منی السلام». اکثر محدثان دو دختر به نامهای سکینه و فاطمه برای امام حسین (ع) ذکر کرده‌اند اما علامه ابن شهر آشوب و محمد بن جریر طبری، سه دختر به نامهای سکینه فاطمه و زینب (ع) را برای آن حضرت برشمرده‌اند.